黄连为最常用中药材品种之一，也是重庆市最著名的道地药材。一直以来，我市黄连产业主要存在着“生产经营模式以个体种植经营为主，难以抵御市场风波”、“种植加工技术以传统技术为主，产量低，质量不稳定，传统的伐林种连生态破坏严重”、“药材销售以原药材为主，深加工产品研发滞后，经济效益低下”、“全国黄连生产品种趋于一致，产地扩张迅速，竞争优势逐渐丧失”等突出问题，成为了制约黄连产业发展和经济效益提升的关键。2001年以来，申报单位先后申报获得了18个国家、市及县级多项科技项目的立项资助，针对黄连传统产业中存在的突出问题，按照《中药材生产质量管理规范试行》（GAP）要求，综合应用多学科理论和方法，从黄连规范化种植（GAP）关键技术、黄连生态高效种植模式、黄连药材、饮片及其炮制品的质量标准及其控制技术、黄连衍生物开发、黄连花茶及黄连深加工产品开发、促进产业链延伸和经济效益提升等环节，开展了持续10年的系统深入研究。
    本项目应用领域主要是中药学领域，涉及中药鉴定学、中药栽培学、中药化学、中药食品开发、天然产物化学、中药饲料和中兽药等学科，服务中药农业。经过十余年的研究，取得了一系列创新性成果：阐明了黄连的生长发育规律、营养需求规律、喜阴弱光的生理特性和黄连不同年生植株在高温下生理生化变化、黄连种质资源的多态性现状及其遗传变异特点；建立了多种高效生态可持续种植模式及配套技术；制定了黄连种子种苗（分级）标准、生产技术操作规程、质量检验操作规程，以及种子采收、加工、包装与贮藏操作规程；研制了黄连的种子种苗培育、育苗、移栽、施肥、遮荫、病虫害防治、加工、储存等的黄连规范种植技术操作规程（SOP），技术支撑的石柱黄连规范化种植基地率先通过国家GAP认证；建立了“一测多评” 和指纹图谱质量评价关键技术，制定了黄连GAP基地药材、饮片及3种炮制品质量标准，“一测多评”方法和标准已被《中国药典》2010年版收载，并作为《地理标志产品  石柱黄连》的标准由国家颁布；开发新产品4个，合成了黄连生物碱衍生物50多个，发现了3个具有显著抗菌和降脂活性的新化合物，开发黄连生物碱助剂1个；共申请专利13项（授权5项）；发表论文82篇（12篇SCI）；主参编专著7部；起草标准14个，其中国家药典标准5个、国标2个；培养博士生7名，硕士生13名。
    本研究技术方法已趋成熟，安全可靠。项目研发的黄连GAP规范化种植技术，10年来在石柱、洪雅两地共推广8.6万亩，新增GAP规范化种植药材产值17.2亿元，较传统种植提高产值5.4亿元；自黄连花茶获得技术发明专利授权以来，在石柱县境内已有7家黄莲花茶加工企业（或个体户），每年累计收购黄莲花100吨（鲜品）以上，加工黄莲花茶干品10～20吨；以黄连须为主要原料研发的中兽药制剂年销售额：冬痢净100多万元、热应急100多万元、无名高热散60多万元。本项目经济效益显著，社会效益明显，其总体技术水平和主要技术经济指标达到了国内外同类技术的先进水平。